Loại đất, khí hậu và quản lý ảnh hưởng đến lượng chất hữu cơ đầu vào đất và tốc độ phân hủy của nó. Lượng mưa là yếu tố chính thúc đẩy sự tăng trưởng của cây trồng (sinh khối) và hoạt động sinh học, dẫn đến sự phân hủy của chất hữu cơ xâm nhập vào đất. Các phân đoạn khác nhau của chất hữu cơ trong đất SOM (hòa tan, dạng hạt, mùn và bền vững) phân hủy với tốc độ rất khác nhau. Hơn nữa, SOM liên tục luân chuyển giữa các trạng thái sống, đang phân hủy và ổn định trong đất.
- Đầu vào: Thực vật và động vật, khi chết hoặc tạo ra các chất thải hữu cơ như phân, xác động vật, tàn dư cây trồng, sẽ trở thành nguồn cung cấp chất hữu cơ cho đất.
- Chuyển hóa: Các sinh vật đất như vi khuẩn, nấm, và các sinh vật khác sẽ phân hủy và biến đổi các chất hữu cơ phức tạp thành các dạng đơn giản hơn. Quá trình này tạo ra các loại chất hữu cơ mới, như mùn và các chất dinh dưỡng cho cây trồng. Ví dụ: Tàn dư thực vật tươi, như rơm rạ, lá cây, sẽ bị phân hủy thành các mảnh nhỏ hơn 2mm và trở thành một phần của phân đoạn chất hữu cơ dạng hạt. Phần này tiếp tục phân hủy và một phần nhỏ sẽ chuyển hóa thành mùn, một dạng chất hữu cơ ổn định hơn.
- Giải phóng chất dinh dưỡng: các chất dinh dưỡng và hợp chất khác mà vi sinh vật không cần sẽ được giải phóng và sau đó cung cấp cho thực vật. Trong quá trình phân hủy, các vi sinh vật sẽ giải phóng các chất dinh dưỡng như nitơ, photpho, kali… từ chất hữu cơ, cung cấp nguồn dinh dưỡng quan trọng cho sự sinh trưởng và phát triển của cây trồng.
- Ổn định vật chất hữu cơ: Một phần của chất hữu cơ sau khi phân hủy sẽ hình thành nên các hợp chất hữu cơ bền vững hơn, khó bị phân hủy tiếp, gọi là mùn. Mùn đóng vai trò quan trọng trong việc cải thiện cấu trúc đất, tăng khả năng giữ nước và dinh dưỡng cho cây trồng.